ตามตำนานกล่าวว่า หลวงปู่ทวด เดิมท่านชื่อปู ท่านเกิดที่ตำบลพะโคะ อำเภอจะทิ้งพระ หรือ ปัจจุบัน คือ อำเภอสทิงพระ จังหวัดสงขลา เมื่อวันแรม ๑๐ค่ำ เดือน ๔ ปีมะโรง ตรงกับวันที่ ๓ มีนาคม พ.ศ.๒๑๒๕ เวลา ๙ นาฬิกา บิดาของท่านเป็นชาวมุสลิม ชื่อหู มารดาของท่านเป็นชาวพุทธ ชื่อจันทร์ ท่านเป็นบุตรคนเดียวของมารดา ตอนนั้นให้กำเนิดท่าน มารดาของท่านอายุ ๔๕ ปีแล้ว หลวงปู่ทวดเริ่มเรียนหนังสือที่วัดดีหลวง ตำบลดีหลวง อำเภอสทิงพระ จังหวัดสงขลา ท่านชอบการบวชเป็นพระมาแต่เด็ก เห็นพระสวดมนต์ก็คิดว่าดี จึงขออนุญาตพ่อแม่ บวชเณร แรกๆ ก็เพื่อทดลอง แต่เมื่อบวชแล้ว กลับไม่ยอมสึก ที่เป็นดังนี้คงจะเป็น บารมีเก่า ที่ท่านจะสำเร็จเพื่อพระโพธิสัตว์ หรือจะได้เป็นพระสังฆราชแห่งกรุงอโยธยาจึงช่วยให้ไม่อยากสึก
หลวงปู่ทวด(เหยียบน้ำทะเลจืด)บวชที่อำเภอจะทิ้งพระ ตอนนั้นท่านบวชเณรนั้นมารดาบิดาของท่านมีอายุ ๕๐ ปีเศษแล้ว และตอนท่านบวชเป็นพระ มารดาของท่านมีอายุ ๖๐ ปีเศษ เมื่อบวชแล้วท่านได้ศึกษาเล่าเรียนที่จังหวัดนครศรีธรรมราชจนอายุได้ ๒๕ ปี ระหว่างที่บวชอยู่นี้ บิดามารดาของท่านชรามากแล้วและมีท่านเพียงคนเดียว ซึ่งเป็นความหวังที่จะให้ตอบแทนบุญคุณบิดามารดา และหวังให้ท่านเป็นกำนันผู้ใหญ่บ้านและ ได้ไปขอร้องให้ท่านสึก บิดามารดาไปอ้อนวอนขอให้ท่านสึกถึงหน้ากุฏิ แต่ท่านไม่ยอมสึก ท่านถือว่าขนาดพระพุทธเจ้าเป็นถึงเจ้าชาย และมีพระนางพิมพา พระราหุล แล้ว ยังทรงสละราชบัลลังก์ ออกบวชได้ แล้วท่านเป็นบุคคลธรรมดา จะบวชให้ตลอดไปมิได้หรือ นอกจากนี้ ท่านยังถือว่า การบวชของท่านนี้ย่อมอำนวยประโยชน์อันสูงกว่าในทางโลก ด้วยเหตุนี้ท่านจึงสละบิดามารดาของท่านไปอยู่สงขลา ท่านอยากสอบเป็นมหาอาจารย์ต่อมาท่านได้เดินทางไป เมืองอโยธยา เมื่อไปถึงเมืองอโยธยา ท่านไปศึกษาวิชาการต่างๆ อยู่ที่วัดพุทไธศวรรย์ วัดแห่งนี้เป็นวัดหลวงที่พระเจ้าอู่ทองได้ทรงสร้างขึ้นเมื่อก่อนที่จะย้ายเมืองหลวงมาจากกรุงสุโขทัย พระเจ้าอู่ทองได้ทรงเสด็จมาทางเมืองแพร่ แล้วมาสร้างวัดนี้ จากนั้นแล้วทรงสร้างกรุงอโยธยาเป็นเมืองหลวง พระเจ้าอู่ทองมักเสด็จพระราชดำเนินไปทรงบำเพ็ญพระราชกุศลที่วัดนี้เสมอๆ และได้ทรงพบกับหลวงปู่ทวด เป็นที่สบอัธยาศัยกัน ในที่สุด พระเจ้าอู่ทองทรงแต่งตั้งให้ท่านเป็นเจ้าอาวาสวัดพุทไธศวรรย์ เมื่อวันขึ้น ๑๕ ค่ำ เดือน ๓ ปีกุน ปี พ.ศ.๒๑๘๑ ต่อมาท่านได้เลื่อนสมณศักดิ์เป็นเจ้าคุณ ตอนนี้ท่านจึงได้เดินทางไปเยี่ยมบ้านเกิดของท่านที่จังหวัดสงขลาอีกครั้งหนึ่งการเดินทางจากกรุงอโยธยาไปยังสงขลาในสมัยนั้น ต้องใช้เรือใบแบบสำเภาเป็นภาหนะ ระยะทางเดินทางไปกลับใช้เวลา ๑ ปี เมื่อท่านได้ไปเยี่ยมบ้านแล้ว ขากลับจะเดินทางจากสงขลามาอโยธยาก็ได้มาลงเรือที่สงขลา ก่อนออกเรือ พวกลูกเรือลำที่ท่านได้โดยสารซึ่งเป็นชาวมุสลิมได้ตั้งวงเล่นไพ่กัน และเล่นกันเพลินจนลืมเตรียมน้ำจืดไว้ใช้ในเรือ เมื่อเรือออกเดินทาง คนจึงไม่มีน้ำจืดไว้กิน พวกชาวเรือเหล่านั้นได้พากันกล่าวหาว่าเหตุการณ์ครั้งนี้เป็นเพราะมีภิกษุจัญไร คือท่านร่วมเดินทาง จึงทำให้พวกเขาลืมเอาน้ำจืดลงเรือมาด้วยและจะพากันอดน้ำตาย แล้วตกลงจะจับท่านไปปล่อยไว้ที่เกาะหนูเกาะแมวท่านจึงอธิษฐานว่า “หากแม้ข้านี้สามารถจะสืบต่ออายุพุทธศาสนา ทำให้ศาสนารุ่งเรือง ขอให้น้ำแห่งบริเวณที่เท้าเหยียบลงนี้จงกลายเป็นน้ำจืดด้วยเถิด” แล้วท่านก็เอาเท้าจุ่มลงทะเล น้ำบริเวณที่เท้าจุ่มลงไปนั้นกลายเป็นน้ำจืด พวกชาวเรือสำเภานั้นจึงได้ตักขึ้นไว้ใช้ในเรือ ๑๓ โอ่ง มีน้ำจืดใช้ตลอดทางจนถึงอโยธยา และด้วยเหตุการณ์ครั้งนี้ท่านจึงได้รับสมญานามว่า”หลวงปู่ทวด เหยียบน้ำทะเลจืด”
หลังจากมาอยุ่อโยธยาได้ ๒ ปี (นับจาก พ.ศ.๒๑๘๑) ชาวลังกาได้ทาล้อมเมืองอโยธยาไว้ และได้ตั้งปริศนาธรรมท้าพนันเอาเมืองอโยธยา เมื่อพระเจ้าแผ่นดินคิดไม่ตก ก็ได้นิมนต์พระภิกษุปู หรือ ราโม ธัมมิโก ที่วัดพุทไธศวรรย์ มาช่วยแก้ปัญหาปริศนาธรรม หลวงปู่ทวดได้กู้บ้านเมืองไว้โดยอธิษฐานว่า “ถ้าหากท่านมีบารมีจะช่วยได้ก็ขอให้เกิดปัญญาแก่การไขปริศนาธรรมให้ออก” ในที่สุดท่านก็แก้ปริศนาธรรมได้ กรุงอโยธยาไม่ต้องตกเป็นของชาวลังกา ด้วยคุณความดีของท่านในด้านต่างๆ รวมตลอดทั้งที่ได้กล่าวมานั้น พระรามาธิบดีที่ ๒ หรือโอรสพระเจ้าอู่ทอง จึงได้ทรงสถาปนาให้ท่านเป็นสมเด็จพระสังฆราชแห่งกรุงอโยธยาทรงพระนามว่า“สมเด็จพระสังฆราชคูรูปาจารย์”